Afgift og gebyr forfalder til betaling, når den matrikulære ændring registreres i matriklen, jf. bekendtgørelsens § 46, stk. 1. Geodatastyrelsen opkræver normalt de skyldige beløb på dette tidspunkt. Der udsendes en faktura til landinspektøren. Betalingsfristen er 30 dage fra forfaldsdatoen.
Betales afgifts- og gebyrbeløb ikke rettidigt, tillægges renter fra sidste rettidige indbetalingsdag, og indtil betalingen sker. Renten er den i medfør af § 5 i lov om renter ved forsinket betaling m.v. fastsatte. Geodatastyrelsen opkræver desuden et rykkergebyr i forbindelse med udsendelse af rykkerskrivelser.
Overstiger afgift og gebyr tilsammen det beløb, der er fastsat i bekendtgørelsens § 46, stk. 3, opkræver Geodatastyrelsen beløbet forud for de matrikulære forandringers registrering i matriklen. Ifølge bekendtgørelsens § 46, stk. 4, kan Geodatastyrelsen i andre tilfælde, hvor det skønnes nødvendigt for at afværge risiko for tab, stille krav om forudbetaling af afgift og gebyr, og styrelsen vil i disse tilfælde ikke registrere de matrikulære ændringer, før den krævede indbetaling har fundet sted, jf. i øvrigt § 30, nr. 4, i udstykningsloven. Reglerne om forudbetaling anvendes ikke i tilfælde, hvor landinspektørens rekvirent er en offentlig myndighed.