Præstegårde er i almindelighed ikke noteret som landbrugsejendomme i matriklen, men der har i mange år eksisteret en aftale mellem Fødevareministeriet og Kirkeministeriet om, at præstegårde principielt skal være undergivet de samme regler som landbrugsejendomme. Denne aftale er nu lovfæstet, jf. § 22, stk. 1, i lov om folkekirkens økonomi.
Kirkeministeriet har udstedt bekendtgørelse nr. 411 af 3. maj 2006 om præsteembedernes faste ejendomme og den tilhørende vejledning nr. 41 af 16. maj 2006 om præstegårdsbrug m.v.
Bekendtgørelsen gælder for præsteembedernes faste ejendomme bortset fra tjenesteboliger for folkekirkens præster, jf. bekendtgørelsens § 1. Menighedsrådets beslutning om et præsteembedes køb eller salg m.v. af fast ejendom skal godkendes af provstiudvalget.
Køb eller leje af landbrugspligtige jorde på to hektar eller mere skal godkendes af Kirkeministeriet, jf. § 2, stk. 1, i bekendtgørelsen og § 22, stk. 2 i landbrugsloven. Ansøgning skal indsendes gennem provstiudvalget og stiftsøvrighedens bilagt udtalelser fra den stedlige præstegårdskonsulent og eventuelt fra landbrugsstyrelsen.
Efter bekendtgørelsens § 4 skal provstiudvalget ved godkendelse af salg af et præstegårdsbrug på to hektar eller mere sikre, at ejendommen noteres i matriklen som en landbrugsejendom. Det fremgår af bekendtgørelsens § 1, stk. 2, hvad der forstås ved et præstegårdsbrug.
Provstiudvalgets godkendelse af nedrivning af en beboelsesbygning på et præstegårdsbrug på to hektar eller mere skal betinges af, at der tinglyses en deklaration på ejendommen i overensstemmelse med den standarddeklaration, der findes som bilag 1 til Vejledning om præstegårdbrug m.v., og af at ejendommen noteres i matriklen som en landbrugsejendom uden beboelsesbygning, jf. § 5 i bekendtgørelsen.
Når provstiudvalget godkender, at en beboelsesbygning på et præstegårdsbrug frastykkes med henblik på salg, skal denne bygningsparcel være på mindst 1,5 ha. Hvis bygningsparcellen frastykkes med et areal på to hektar eller mere, skal ejendommen noteres i matriklen som en landbrugsejendom. Provstiudvalgets tilladelse til frastykningen skal betinges af, at der tinglyses en standarddeklaration på restejendommen, som samtidig skal noteres i matriklen som en landbrugsejendom uden beboelse, jf. § 6 i bekendtgørelsen.
Reglerne om deklaration og notering i matriklen gælder kun i de nævnte situationer. Reglerne gælder ikke, når et ubebygget areal fraskilles et præstegårdbrug til byformål, og der skal i den anledning ikke foretages landbrugsnotering af restejendommen. Landinspektøren skal heller ikke vedlægge en § 6-erklæring efter landbrugsloven, eller udtale sig om eventuelle beboelsesbygninger på restejendommen. Geodatastyrelsen skal heller ikke i den nævnte situation notere restejendommen som landbrug.
Provstiudvalget kan med tilslutning fra Landbrugsstyrelsen fravige ovennævnte bestemmelser, jf. bekendtgørelsens § 8.
Når beboelsesbygningen fraskilles uden landbrugspligt og der i overensstemmelse med ovennævnte regler skal foretages notering om landbrug på en ejendom, skal oplysningen i bemærkningsfeltet om "Præsteembede" slettes. Det skyldes, at ejendommene herefter kan sælges i overensstemmelse med landbrugslovens almindelige regler og uden orientering af Geodatastyrelsen. Når det sker, ville noteringen om Præsteembede" blive uaktuel og forkert. Derfor bør denne oplysning slettes i forbindelse med registreringen af udstykningssagen i matriklen.