Miljøstyrelsen kan, når særlige grunde taler for det, ophæve fredskovspligten på et areal, som ønskes anvendt til andet formål, jf. lovens § 6, stk. 1. En ansøgning til Miljøstyrelsen, hvor kommunen ønsker fredskovspligten på et kommunalt ejet skovareal ophævet, skal i visse tilfælde imødekommes uden vilkår om erstatningsskov, jf. lovens § 6, stk. 2.
Miljøstyrelsen har desuden mulighed for at justere noteringen af fredskovspligtige arealer efter lovens § 37. Efter skovlovens af 1989 blev der gennemført en gennemgang og notering i matriklen alle fredskovspligtige arealer (fredskovskonstatering), som blev afsluttet i 1998. Fredskovskonstateringen var hovedsagelig baseret på luftfotos, hvor grænserne for skoven kunne defineres med højst 5-10 meters nøjagtighed. Bestemmelsen giver ministeren hjemmel til at berigtige fredskovspligtens omfang, når der opdages unøjagtigheder i fredskovskonstateringen. Muligheden for at berigtige skal desuden gælde, når ministeren fremover konstaterer fredskovspligt på statslige arealer efter § 3, stk. 1, nr. 3. Endelig kan reglen efter lovbemærkningerne også anvendes i tilfælde, hvor ejeren ønsker registreringen indført med større nøjagtighed i matriklen. Sådanne ændringer forudsættes at ske for ejerens regning. Når en justering har fundet sted, drager Miljøstyrelsen omsorg for, at ændringen noteres i matriklen, jf. § 41.
Fredskovspligt og ændringer heraf skal noteres i matriklen, jf. lovens § 41.
I § 32, stk. 7, i bekendtgørelse om matrikulære arbejder er der regler om beregning af fredskovspligtigt areal i forbindelse med matrikulære forandringer. Hvis der opdages fejl i fredskovsnoteringen, f.eks. i form af uoverensstemmelse mellem angivelsen af størrelsen af arealet i matriklen og forholdene i marken, skal sagen forelægges Miljøstyrelsen. Der kan ske mindre justeringer af fredskovsgrænsen, hvis det sker som konsekvens af korttilpasning af skelbilledet. Tilpasninger af fredskovsgrænsen efter forholdene i marken kræver godkendelse efter skovlovens § 37. Samme godkendelse kræves i forbindelse med ændring af fredskovsgrænsen i forbindelse med udskillelse af offentlige veje.